Почти месяц 35 работников Совета просидели в тюрьме. Пока эсеро-меньшевистское правительство разбиралось с комиссарами, к городу вплотную подходили войска Кавказской исламской армии (Турции и Азербайджана). Диктатура Центрокаспия, как и Бакинский Совет, не смогла оказать достойного сопротивления и была вынуждена бежать из города вместе с англичанами. Незадолго до этого бакинские комиссары были освобождены из-под стражи. Не последнюю роль в освобождении революционеров сыграл Анастас Микоян – на тот момент руководитель большевистского подполья в Баку, сумевший договориться об эвакуации комиссаров с главой Диктатуры Абрамом Велунцем. Вместе с Микояном большевики сели на пароход «Туркмен», который должен был доставить их в Астрахань.
Но по какой-то причине пароход решил сделать остановку в Красноводске. По одной из версии на пароходе были предатели (кроме комиссаров на судне были англичане и члены армянской националистической партии «Дашнакцутюн»), которые настаивали на остановке, якобы по причине нехватки топлива. По другой версии, топлива действительно не хватало. Так или иначе, после того, как пароход бросил якорь в порту Красноводска, экипаж судна был арестован по приказу местного контрреволюционного Закаспийского временного правительства. Судьбу комиссаров решали эсеры вместе с англичанами. В итоге было принято решение о расстреле наиболее видных деятелей Бакинского Совнаркома. Из 36 арестованных в расстрельный список попали 26. Дело в том, что при обыске у Григория Корганова нашли список с именами 25 человек, включая его самого. Когда комиссары сидели в бакинской тюрьме, Корганов был старостой и отвечал за распределение продовольствия между заключенными товарищами. Изъявшие этот список посчитали, что в нем имена наиболее влиятельных членов Совета. По этой причине расстрела избежали некоторые видные революционеры, избежавшие ареста в Баку – Анастас Микоян, Варико Джапаридзе, Ольга Фиолетова, а также Самсон Канделаки, лежавший в тюремной больнице. 26-ым в расстрельном списке оказался член партии «Дашнакцутюн» Татевос Амиров, помогавший комиссарам эвакуироваться из города на пароходе «Туркмен».
Ночью 20 сентября 1918 года приговоренные к смертной казни были вывезены из города. Поезд с революционерами остановился на 207-й версте между телеграфными столбами 118 и 119. Здесь, в районе станции Ахча-Куйма, 26 бакинских комиссаров были расстреляны.
История бакинских комиссаров потрясла общество. Они моментально стали революционными героями. Про них слагали стихи (писатель Сергей Есенин посвятил им «Балладу о двадцати шести»), снимали фильмы, им посвящали музыкальные произведения. В их честь называли улицы в городах, а в Баку, где было произведено торжественное захоронение погибших, соорудили огромный мемориал (в 2009 году он был снесен по решению буржуазных властей Азербайджана, несмотря на протесты местных левых организаций).
Бакинские комиссары приняли бой с превосходящими силами противника и достойно встретили смерть от рук врага. Встречая сопротивление националистов, крупной и мелкой буржуазии, контрреволюционных партий, иностранных интервентов, они не изменили делу революции, не предали свои убеждения. Оставаясь верными борцами за власть Советов, революционеры предпочли умереть, чем сотрудничать с английской военщиной и эсеро-меньшевистскими предателями. Они заслуживают, чтобы мы вспоминали их добрым словом. И мы будем их вспоминать. Вечная память бакинским комиссарам!
Андрей Леоневич.
Приморское краевое отделение ВКПБ